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一、修订完善学校章程
学校根据山东省教育厅下发的《普通高等学校章程建设计划》，依据《高等学校章程制定暂行办法》规定的制定程序，结合当前最新发展形势和学校实际，对学校章程进行了修订与完善。
在章程修订过程中，学校充分发挥民主，广泛征集校内各界意见及建议。章程初稿形成后，学校通过在网站设立专题网页、征求意见电子邮箱、校园意见回收箱，以及召开座谈会、听证会等方式，充分听取校内相关主体的意见建议；并与学校举办者、教育主管部门、其他相关部门进行充分的沟通、协调。章程草案经征求意见并修改完善后，提交学校教职工代表大会讨论并根据会议决议进行了再次修订。
章程修订稿经校长办公会议讨论，进一步修订后形成章程核准稿，并报山东省教育厅备案。修订后的章程将作为学校今后依法自主办学、实施管理的基本准则，学校将依据修订后的章程，完善内部管理制度及规范性文件，实施办学和管理活动，开展社会合作。
此次章程修订，重点在如下几个方面进行了充实与完善：
1.界定了学校的办学性质
烟台南山学院为非营利性组织，坚持公益化办学追求社会效益，不求经济回报，力争成为大企业集团为社会办学的典范。学校经费主要来源以南山集团投资为主，学生学费收入为辅，其他渠道筹措的办学经费为补充。
2.理顺了学校的领导体制
烟台南山学院依法实行董事会领导下的校长负责制。学校董事会是学校的领导核心，把握学校发展方向，决定学校重大问题，监督重大决议执行。学校重大决策、重要人事任免、重大项目安排和大额资金使用等重大问题，通过学校董事会或校长办公会，集体研究决定。成立烟台南山学院监事会，作为学校的监督机构，围绕学校中心工作，检查党的路线、方针、政策、决议及学校重大决策的执行情况，保障和促进学校各项事业的健康发展。
3.健全了学校的民主管理机构
学校进一步健全了校务委员会、教授委员、学术委员会、教职工代表大会、学生代表大会、工会、共青团等一系列决策咨询机构以及民主社团组织，并赋予其相应职责。
4.明确了学校的人才培养定位
发挥企业集团办学的独特优势，实施校企合作、校校合作、产学研融合发展战略，注重学生实践能力和操作技能培养，坚持为地方社会经济发展和企业需求服务。培养学生具有健全的人格、健康的体格和实用的职业资格，成为具有强烈社会责任感、高度社会适应性的优秀公民，成为行业认可、企业欢迎的高素质应用型人才。
二、健全学校法人治理机构
1.成立了学校董事会
根据《中华人民共和国民办教育促进法》，2013年8月，学校成立了董事会，对学校的大政方针进行指导。学校董事会是学校的领导核心，把握学校发展方向，决定学校重大问题，监督重大决议执行，依法行使下列职权：1.聘任和解聘校长；2.修改学校章程和制定学校的规章制度；3.制定发展规划，批准年度工作计划；4.筹集办学经费，审核预算、决算；5.决定教职工的编制定额和工资标准；6.决定学校的分立、合并、终止；7.决定其他重大事项。董事会董事分别由投资者、主管部门领导、学校领导、教育领域和行业专家组成。三分之一以上的董事具有5年以上的高等教育教学或管理经验。自成立至今，召开了多次会议，先后审议并通过了《关于投资兴建商学院实验实训中心的议案》、《关于烟台南山学院管理体制与机构改革的决定》、《烟台南山学院“十二五”教育事业发展规划（修订稿）》等一系列事关学校发展全局的重大事项。
2.健全了监督机构及民主社团
从法人治理“分权与制衡”的原则出发，为实现投资者、管理者和办学者的分离，在董事会的指导下，学校修订了《烟台南山学院章程》，进一步明确了监事会的监督职责、董事会的决策职责、校长的执行职责和各类委员会的咨询职责，学校监事会作为学校的监督机构，围绕学校中心工作，检查党的路线、方针、政策、决议及学校重大决策的执行情况，保障和促进学校各项事业的健康发展。健全了教职工代表大会、学生代表大会以及共青团、工会、妇联等民主社团组织。
3.实行了董事会领导下的校长负责制
本着“教授治学，专家治校”的原则，学校实行董事会领导下的校长负责制，董事会严格执行《民办教育促进法》的相关规定，赋予校长更大的自主权，校长全面负责学校的教育教学、科学研究和行政管理工作，通过校长办公会履行内部管理决策职责，除重大决策、重要人事任免、重大项目安排和大额资金使用等重大问题外，董事会不干涉校长管理的具体事务，从而确保了学校内部的教学、科研、人事、财务等工作运行更加高效合理。校长办公会作为贯彻学校董事决议精神，组织实施董事会议决定的有关工作，对重要行政事项研究和决策的行政议事决策机构，主要负责部署落实董事会决议，研究确定学校学科发展、队伍建设、人才培养、科学研究、社会服务、文化传承创新、对外合作交流等办学活动以及行政管理工作中的具体问题。
4.开展了管理体制改革
根据董事会“机构优化、质量提升、责任到位、稳步发展”的指示精神，学校进行了管理体制与机构改革，二级学院由原来的12个整合为4个，按照学科门类设置了工学院、商学院和人文学院，成立一个突出特色的航空学院。校院两级机构承担行政管理服务职责。系（部、中心）剥离行政责任，突出学术职能。学校作为宏观管理主体，负责总体规划，综合协调，政策制定，监督管控，标准评价，服务保障，对外、对上的法人责任等。学院作为日常行政管理主体，负责本院教学、科研、学科建设的行政事务，集中承担学生管理职责。系（部、中心）作为教学、科研与学科建设主体，不承担行政管理责任。学校减少对学院、系（部、中心）日常运行的干预，以评价促建设，以评价促改革。学校内部实行三级建制、两级管理体制。首先，使系、部、中心避免了非学术事务干扰，可以集中精力搞好教学科研等业务工作。其次，通过大学院制可以整合办学资源，使专业之间交叉互动，发挥集约优势（具体见下图）。
